Анализ бактериальной флоры назначают при инфекциях, чтобы точно определить патоген и начать прицельную терапию. Однако установить возбудителя стандартными методами, например с помощью бакпосева или ПЦР, получается не всегда. В таких случаях врачи прибегают к метагеномному секвенированию — анализу микробного сообщества в биологических материалах на основе определения выделенной из образца последовательности ДНК.
Программа для поиска микробов: найден новый способ быстрой диагностики инфекций
Ученые создали программу Antimicro для анализа геномов микроорганизмов в биологических материалах. Разработка уникальна: она единственная в мире учитывает особенности российского микробиома.
Freepik
Программа поможет врачам оперативно ставить диагноз пациентам с размытой симптоматикой.
Метагеномное секвенирование
«Благодаря метагеномному секвенированию можно выявлять бактерии, грибы, археи, паразиты и вирусы, а также оценивать устойчивость микроорганизмов к антибиотикам, уровень их патогенности и метаболический потенциал, то есть потребление, разложение и производство различных соединений», — рассказал Павел Сучко, разработчик, магистрант СПбГУ, биотехнолог центра геномных технологий «Сербалаб».
Оперативная обработка метагенома бактериальных мазков — довольно популярная процедура в сложных клинических случаях. Сегодня она доступна только в частных лабораториях и крупных государственных центрах. При этом используемые для расшифровки метагенома программы имеют ряд недостатков.
Специалисты СПбГУ учли все минусы конкурентов и создали свой вариант — Antimicro.
Antimicro: программа для анализа микробиома
Новое ПО обрабатывает загруженные пользователем данные, а затем формирует заключение: сколько бактерий и каких видов содержится в образце, какой у них уровень антибиотикорезистентности. По времени выдачи результатов программа не уступает зарубежным, при этом в других аспектах она гораздо удобнее.
Antimicro работает на русском языке, также в программе есть подробная инструкция.
Кроме основного модуля для анализа метагенома, разработчики Antimicro предусмотрели несколько дополнительных: например, справочник микроорганизмов и лекарственных средств, отдельный раздел для подбора терапии.
Ученые нацелены получить на программу сертификат соответствия в Министерстве здравоохранения РФ. Это значительно расширит возможности пациентов, и метагеномное секвенирование можно будет сделать не только на платной основе, но и по ОМС.
Благодаря разработке у врачей появится возможность спасать больше жизней и уменьшать проявления тяжелых хронических заболеваний, связанных с изменениями в микробиоме и приводящих к инвалидизации Более того, решение будет полезно и в фармакологии, экологии, биотехнологии, сельском хозяйстве и пищевой промышленности.