Гетман умер 6 августа 1657 года, предположительно — от инсульта. Похоронен он был в родовой усыпальнице в Свято-Ильинской церкви Суботова. С начала следующего века в летописных источниках распространилась версия, что в 1664 году польский полководец Стефан Чарнецкий, захвативший и сжегший Суботов, выбросил на городскую площадь останки Богдана Хмельницкого и его сына Тимоша.
Украинцы вероятно нашли могилу Богдана Хмельницкого

Подтвердить или опровергнуть эту версию сейчас, видимо, нельзя: никто из описывавших это действие людей не был его непосредственным свидетелем и происхождение истории в целом неясно. Чарнецкий, хотя и был одним из наиболее жестоких польских полководцев, не имел репутации вандала, а также каких-то причин мстить Хмельницкому за личные обиды — таковых не было.
Если верить имеющемуся сообщению, то прежние поиски вероятного места погребения были безуспешными, поскольку на глубине около 2 метров археологи натыкались на нетронутый грунт и прекращали работу. То, что склеп может быть расположен вдвое глубже, казалось невозможным — в XVII веке так не хоронили.
На данный момент предполагаемый склеп еще не вскрыт и его реальное содержимое неизвестно.
